素体とされた知的生命体（人間など）にゾンダーメタルが寄生するとゾンダーになる。ゾンダーは周囲の機械と融合しゾンダーロボと化し、破壊活動を行う。また完全体に成長したゾンダーは無数のゾンダー胞子を放出し、数時間で一つの星の全生物をゾンダー化（機界昇華）してしまうという。ゾンダーメタルの精製には莫大なエネルギーを必要とする為、大量生産が難しく、一度に複数のゾンダーが出現する事は極めて少ない。また、子供のような未成熟な生命体がゾンダー化してもそれを長時間維持することはできず、浄解せずとも勝手に元の姿に戻るという欠点もある。ゾンダーと原種は出現した順にそれぞれ「EI（=Extra-Intelligence）ナンバー」と「ZX（=Zonder-Exception）」が付けられている。
ゾンダーメタルを含む制御プログラムZマスターは本来、人のマイナス思念（いわゆる怒りや悲しみといったストレスなど）を昇華する事を目的として三重連太陽系紫の星で開発されたシステムであった。しかし、マイナス思念を無くすためには発生源である有機生命体自体をマイナス思念を持たない機械生命体に昇華させればよいという判断を下したZマスターは、紫の星を手始めに全宇宙の機界昇華を開始する。
Zマスターは自らを31個の原種に分割し、それぞれが独立して行動が可能。また原種の一部を更に分離し、パリアッチョやパスダーのような端末として攻撃対象の星へ送り込む事もできる。この端末にはゾンダリアンと呼ばれる幹部数体が従っている。彼らは機界昇華された星の生き残りがゾンダーメタルに寄生されたものだが、通常のゾンダーと違って知性と自意識を保っている。ゾンダリアンが機械と融合した形態も登場するが、カテゴリー上はゾンダーロボとは言えない。
正体はZマスターの分裂体である。各々が31個の人体パーツや臓器をモチーフにした形態を持ち、個々単位でも相当な知性も備えていると思われる。
心臓原種を核として、さらに腕、眼、耳、爪、肋骨、肝臓、腸の7体が機界最強七原種として君臨している。また、木星圏の決戦では16体の原種が第1衛星イオから第16衛星メティスまでの衛星と融合した。
以下に主だったものを列挙する。
Zマスター 声：吉田小南美・緒方賢一
機界31原種の集合体で全ゾンダーのシステムを統べる存在。体の各部位に原種が潜んでいて、31体のあらゆる原種の力を行使可能で木星と体をつなげ、そこからザ・パワーの莫大なエネルギーを得て、同じくザ・パワーの力を得た勇者ロボ軍団を圧倒し、さらにはESウィンドウを通して地球にゾンダー胞子を送ることに成功するが…。
パリアッチョ 声：吉田古奈美
ピエロの格好をした女の姿で、移動する時は乗っている玉に自身を収納して飛ぶ。その正体は心臓原種の端末の一つ（もう一方はパスダー）。最後まで戦闘に介入することは無く、原種とガオガイガー達の戦いを常に観察していた。
ZX-07 腕原種 声：茶風林
機界最強7原種の一体で事実上のリーダー格。戦艦ニュージャージー、エジプトのピラミッド、太陽観測衛星およびエウロパと融合し右腕から強力な超重力波を振るう。素体は筋肉質の巨漢、名前はアームストロング。ハルク・ホーガンが元ネタらしい。7原種で唯一木星決戦まで生き残り、最後にはキングジェイダーからZクリスタルを奪い返してZマスター復活の鍵となった。モチーフがZX-01の巨腕原種とほぼ同一だが、その関係は不明。
合体原種 声：茶風林
肝臓原種以外の機界最強七原種6体が合体した姿。元となった原種の能力すべてを駆使し、GGGを苦しめるが、ガトリングドライバーとソリタリーウェーブの合わせ技重力レンズ攻撃によって敗れた。
ZX-31 心臓原種 声：石井康嗣
31原種の指令塔的存在でZマスターの中核。圧倒的な力でスターガオガイガーを苦戦させた。
スチック プロパ セッター スロープ サブセ ソンソ キラウエ くるくる デイユース ニクロム ルーガル ドードー トリコロ マリン ハイチ キュー ナビユー ワンダラー カバレ ファイト さやえん カスミソウ グラフ ラードツ リング シンプル パイロー サイン ワーク ワイヤ スペルラ ファイラー スペアイト ナビドウ クトリン スープ ドット スイート 弥生姫 クレド タフネス ダーク フレーバ アッラー フロー リキッド クチュリ フォア ザンス ファイブ